كانت شواهدها تظهر عليه ، وكبا به فرسه في أول ولايته لبعض مذاهبه فنادى مستغيثا بالشيخين أبي بكر وعمر ، وسمعته العامة فثاروا بالرافضة وقتلوهم وأعلنوا بالمعتقد الحق ، ونادوا بشعار الإيمان ، وقطعوا من الأذان حي على خير العمل . وأغضى عنه الظاهر ( الفاطمي ) من ذلك ، وابنه معد المنتصر من بعده ، واعتذر بالعامة فقبل ، واستمر على إقامة الدعوة والمهاداة ، وهو في أثناء ذلك يكاتب وزيرهما وحاجب دولتهما المضطلع بأمورهما أبا القاسم أحمد بن علي الجرجاني ويستميله ويعرض ببني عبيد - الخلفاء الفاطميين - وشيعتهم . وفي سنة 437 بعد وفاة المنتصر الفاطمي ، أعلن ابن باديس تمرده على الفاطميين ، وأرسل بالبيعة إلى القائم العباسي في بغداد . وبلغ الخبر إلى المستنصر ( الفاطمي ) بالقاهرة ، فأشار الوزير الحسن بن علي الياورزي على الخليفة الفاطمي بالإيعاز لبني هلال بمقاتلة المعز بن باديس ونصرة الدولة الفاطمية ، وباصطناعهم والتقدم لمشايخهم وتوليتهم أعمال إفريقية وتقليدهم أمرها . فبعث المستنصر وزيره إلى بطون بني هلال سنة 441 وأرضخ لأمرائهم في العطاء ، وأباح لهم إجازة النيل وقال لهم : قد أعطيتكم المغرب .